El museo del sitio fue abierto junto con el parque en el año 2004 y tiene la peculiaridad de hallarse a uno de los lados del Río Rímac, también conocido como el Río Hablador. La obra fue construida en las inmediaciones de aquella corriente, con la intención de apoyar el proyecto de recuperación de la ribera de este emblemático río peruano.

Este museo fue creado a raíz de los diversos hallazgos realizados cuando se restauró un sector del antiguo tajamar en el año 2004. Durante las excavaciones se encontraron restos de viviendas donde se hallaron piezas de cerámica, azulejos, tuberías de agua y muchos otros objetos de diferentes épocas que aquí se exhiben. El museo también presenta información que explica como los primeros pobladores de la Lima colonial iban aprendiendo el comportamiento de nuestro rio hasta que encontraron la manera de protegerse de las crecidas y como posteriormente fueron amurallando toda la ciudad.

El museo de sitio exponen piezas coloniales encontradas en la antigua muralla de Lima la que fue construida por el virrey Melchor de Navarra y Rocafull con la finalidad de proteger la ciudad de levantamientos y para controlar el comercio que ingresaba a la ciudad.